المشاكل الهضمية
تشير الأبحاث إلى أن تناول الخل يمكن أن يُطيل من مدة بقاء الطعام في المعدة، مما يشكل تحدياً خاصاً للمرضى الذين يعانون من داء السكري. ويعود ذلك إلى صعوبة تحديد أوقات تناول الأنسولين بما يتناسب مع توقيت امتصاص الجسم للطعام. إضافةً إلى ذلك، فإن استهلاك كميات كبيرة من الخل قد يؤدي إلى تفاقم أعراض الحالة المعروفة بشلل المعدة (بالإنجليزية: Gastroparesis)، والتي تتضمن حرقة المعدة، الانتفاخ والغثيان. ومن الجدير بالذكر أن تناول خل التفاح قد يُؤخر إفراغ المعدة من الطعام، مما يؤدي إلى تقليل الشهية والرغبة في تناول الطعام لفترة أطول، لذا يلجأ العديد من الأفراد لاستخدامه كوسيلة للمساعدة في فقدان الوزن. ولكن يجب الانتباه إلى أن بقاء الطعام في المعدة قد يسبب أيضًا آثاراً جانبية، مثل عسر الهضم، كما قد يؤدي إلى تفاقم حالات الارتجاع المعدي المريئي.
نقص بوتاسيوم الدم
تشير العديد من التقارير إلى أن تناول خل التفاح قد يرفع من خطر الإصابة بنقص بوتاسيوم الدم (بالإنجليزية: Hypokalemia) أو قد يزيد من حدة الأعراض لدى المصابين بهذا النقص. وبصفة عامة، يمكن أن يتسبب نقص البوتاسيوم، سواء كان معتدلاً أو شديداً، في ضعف العضلات والشلل، مما ينعكس سلباً على العديد من وظائف الجسم.
الحمل والرضاعة
لا تتوفر معلومات كافية حول سلامة تناول الخل بكميات كبيرة من قبل النساء خلال فترات الحمل والرضاعة. لذا، يُفضل تجنبه، لاسيما عند استهلاكه بكميات وفيرة، من أجل ضمان سلامة الجنين والأم.
تآكل مينا الأسنان
مثل سائر الأطعمة والمشروبات ذات الطبيعة الحمضية، يمكن أن يؤدي خل التفاح إلى تلف مينا الأسنان. وعلى الرغم من أن اللعاب في الفم يعمل كحاجز وقائي، إلا أن تناول كميات كبيرة من الخل قد يتسبب في تآكل الأسنان.
حروق الحلق
يمكن أن يؤدي استهلاك كميات كبيرة من الخل إلى شعور بالحرقة في الحلق. وقد أدرج الباحثون الخل ضمن المواد الكاوية القوية. ووفقاً لتقرير حالة، تسببت حبة من خل التفاح في حروق بعد أن استقرت في حلق امرأة، إذ عانت هذه المرأة من الألم وصعوبة البلع لمدة ستة أشهر بعد الواقعة.